Japon, 1600. Jeune homme fruste rejeté par les siens, Takezo rêve de devenir samouraï pour recueillir gloire et honneurs. Avec son ami Matahachi, il part au combat mais se retrouve rapidement du côté des vaincus. Contraints de fuir, les deux hommes trouvent refuge chez la veuve Oko et sa fille Akemi. Alors que Matahachi décide de rester auprès d’elles, abandonnant par là sa promise Otsu, Takezo retourne seul au village où il sera très mal accueilli…
En 1868, un monstre mystérieux s'acharne sur les bateaux naviguant dans l'océan Pacifique. Alarmé par ce phénomène, le gouvernement américain arme une frégate. Ned, un fabuleux harponneur, Aronnax, un homme de science et son assistant partent à la recherche du supposé monstre marin...
Dans les années 1950, une expédition en Amazonie découvre, grâce à des preuves fossilisées datant du Dévonien, un lien entre la terre et les animaux marins. Le chef de l'expédition Carl Maia rend alors visite au Dr David Reed, un ichtyologiste qui travaille dans un institut de biologie marine, qui persuade à son tour le Dr Williams de financer les recherches pour retrouver d'autres preuves.
En 1875, Matt Calder, un ancien repris de justice veuf, vient chercher Mark, son fils âgé de neuf ans, dans un camp de chercheurs d'or. C'est Kay, une chanteuse de saloon, qui avait pris l'enfant sous son aile. Contraints de fuir les Indiens, l'homme, la jeune femme et le fils se retrouvent à descendre sur un radeau fragile une rivière quelque peu mouvementée.
Après le long siège de Troie, Ulysse entame son périlleux voyage de retour vers son royaume, l'île d'Ithaque. De nombreux ennemis vont le retarder dans ce périple : il devra faire preuve de sagesse lors de sa rencontre avec les sirènes, de ruse avec la puissante Calypso, de force s'il veut vaincre l'imposant Cyclope et ainsi poursuivre sa route à travers les pièges du Dieu de la mer, Poséidon. À Ithaque, les habitants s'impatientent du retour de leur roi et pressent sa femme Pénélope à choisir un nouveau mari…